指存在于細胞質內，填充于核膜、網質體、高爾基體等液泡系統(tǒng)與線粒體、葉綠體等膜狀構造之間的連續(xù)性結構。在電子顯微鏡下呈無結構的部分，細胞質基質在細胞分區(qū)法方面，它是與除微粒體分區(qū)以外的上清分區(qū)相對應的部分，它含有各種可溶性蛋白質（例如構成微管的蛋白質的單量體）和酶（例如有關分解糖的各種酶）或核酸（例如轉移RNA）等。另外，一般認為細胞質或原生質的物理特性主要表現(xiàn)為這種細胞質基質的性質。
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