有機化合物分子結構中能反映化學特性的原子或原子團叫官能團。官能團能決定有機物的主要化學性質。具有相同官能團的有機物，化學性質類似。重要官能團有雙鍵、三鍵（—C≡C—）、鹵素（—X）、羥基（—OH）、巰基（—SH）、羰基、醛基、羧基（—COOH）、硝基（—NO₂）、氨基（—NH₂）、氰基（—CN）、磺基（—SO₃H）等。官能團是有機物分類的重要依據之一。在有機合成中往往把引入或消除的官能團作為該反應的名稱，如烷基化反應、脫羧（基）反應等。